La protéomique au microscope

C’est vrai que le terme, au premier abord, ne m’évoquait pas grand chose et il revient de plus en plus souvent, voici quelques éléments qui ont éclairés ma lanterne!

La proténomique désigne la science qui étudie les protéomes, c’est-à-dire l’ensemble des protéines d’une cellule, organite, tissu, organe ou organisme à un moment donné et sous des conditions données.

Ce terme a été utilisé pour la première dans une publication scientifique en 1997 par P. James. Il le dérive de protéome, terme inventé en 1995. La protéomique est au protéome, ce que la génomique est au génome!

Qu’en est-il en néphrologie et surtout en clinique?

Voici schématiquement le principe avec les différentes techniques utilisées aux abréviations barbares:

[2-D PAGE: two-dimensionalpolyacrylamide gel electrophoresis, LC-MS/MSliquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry, SELDI-TOF-MSsurface enhanced laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry, CE-MScapillaryelectrophoresis coupled to mass spectrometry]

Ici un tableau avec un résumé des différentes avancées pour la protéomique rénale et urinaire:

Goal for application of renal and urinary proteomics Current achievement by proteomics approach
Better understanding of biology and physiology of the kidney Yes (partial)
Better understanding of pathogenic mechanisms and/or pathophysiology of kidney diseases and related disorders Yes (partial)
Identification of biomarker «candidates» Yes (many)
Defining novel diagnostic and prognostic biomarkers (validated in a large cohort and ready for «routine» clinical practice) Not yet (but will probably be achieved soon)
Identification of new therapeutic targets Yes (some)
Development of new drugs or therapies targets identified by proteomics approach Not yet (but will probably be achieved soon)
Personalized medicine Too far from now

Comme on peut le voir, des avancées ont été faites, malheureusement il faut maintenant revoir le concept et essayer d’établir des standards afin de pouvoir réaliser des études cliniques comparables. Cette tâche est en train d’être remplie par des réseaux internationaux comme « Human Kidney and Urine Proteom Project (HKUPP) » et « European Network for Kidney and Urine Proteomics (EuroKUP) » qui travaillent ensemble pour établir des protocoles et des guidelines.

La protéomique n’est pas une fin en soi, mais s’intègre aux autres « omiques » comme la génomique, la transcriptomique, la métabololique, la lipomique, l’interactomique…

This is a concept of « integrative omics », in which many omics are linked together by bioinformatics.

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Catégories : Maladie du rein, Néphrologie

Auteur :Dr Vincent Bourquin

Néphrologue blogueur

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