Les inhibiteurs de la pompe à protons (IPP) figurent parmi les médicaments les plus prescrits au long cours. Leur sécurité globale est bonne, mais l’hypomagnésémie induite par les IPP (HIPP) — décrite depuis 2006 et reconnue par la FDA dès 2011 [1] — mérite d’être gardée à l’esprit, en particulier chez le patient polymédiqué. Ce billet propose une mise au point sur le mécanisme, les facteurs de risque, et la place de la déprescription.
Rappel : magnésium et homéostasie phosphocalcique
Le magnésium intervient dans la régulation phosphocalcique par deux mécanismes principaux [2] :
- il module la sécrétion de PTH par les cellules principales des glandes parathyroïdiennes ;
- il participe à plusieurs étapes d’hydroxylation de la vitamine D.
L’hypomagnésémie altère la production d’AMPc, second messager de la PTH dans la glande parathyroïde et dans ses organes cibles (rein, os). Il en résulte une diminution de la sécrétion de PTH associée à une résistance périphérique — un tableau d’hypoparathyroïdie fonctionnelle. In vitro, le magnésium module également l’expression du récepteur sensible au calcium (CaSR) et du récepteur à la vitamine D (VDR), nécessaire à la synthèse de PTH [2].
Cliniquement : hypomagnésémie → hypoparathyroïdie fonctionnelle → hypocalcémie + hyperphosphatémie, parfois symptomatique (tétanie, allongement du QT, arythmies, crises convulsives).
Mécanismes de l’hypomagnésémie sous IPP : une vision affinée
L’absorption intestinale du magnésium repose sur deux voies [3] :
- une voie paracellulaire passive, prédominante dans l’intestin grêle, dépendant des claudines (CLDN2, 7, 12) ;
- une voie transcellulaire active, médiée par les canaux TRPM6/7, principalement dans l’iléon distal et le côlon — et non dans le jéjunum, comme on l’a longtemps cru.
Les IPP perturbent cette voie active par plusieurs mécanismes désormais mieux caractérisés [3] :
- Élévation du pH luminal colique : les TRPM6/7 ont une activité optimale en milieu acide. Un pH plus élevé diminue leur affinité pour le Mg²⁺.
- Diminution de la solubilité du Mg²⁺ : à pH plus alcalin, le magnésium se lie davantage aux anions luminaux (Cl⁻, PO₄³⁻), réduisant la fraction absorbable.
- Inhibition possible de la H⁺/K⁺-ATPase colique (ATP12A), homologue de la pompe gastrique, contribuant à l’alcalinisation locale.
- Modification du microbiote intestinal : les IPP réduisent la diversité bactérienne ; or la fermentation bactérienne acidifie le côlon et favorise l’absorption du Mg²⁺.
À noter que l’excrétion urinaire de Mg²⁺ n’est pas augmentée sous IPP — l’origine est bien digestive (FEMg < 2 %) [3].
Facteurs de risque
L’HIPP n’est pas systématique : moins de 1 % des utilisateurs développent une hypomagnésémie cliniquement significative. Les facteurs de risque identifiés incluent [3,4] :
- dose élevée d’IPP (OR ≈ 2,1 pour les hautes doses) ;
- durée prolongée du traitement ;
- co-prescription de diurétiques, surtout de l’anse (effet additif majeur) ;
- polymorphismes/mutations TRPM6 ;
- pertes digestives associées (iléostomie, diarrhée chronique, malabsorption) [5].
Le délai d’apparition est extrêmement variable (de 14 jours à plus de 10 ans), ce qui complique le diagnostic. À l’inverse, la récupération après arrêt de l’IPP est rapide — en moyenne 4 jours —, ce qui constitue un test thérapeutique simple et utile [5].
L’effet est considéré comme un effet de classe : la substitution d’un IPP par un autre est habituellement inefficace, contrairement au passage à un anti-H2 [3].
Principales causes d’hypomagnésémie (rappel)
Origine digestive (FEMg < 2 %)
- Malabsorption (maladie cœliaque, MICI, résection, by-pass…)
- Médicaments : IPP
Origine rénale (FEMg > 2 %)
- Diabète mal contrôlé (glycosurie, shift)
- Hypercalcémie
- Alcoolisme chronique (dysfonction tubulaire)
- Médicaments : diurétiques thiazidiques et de l’anse, inhibiteurs de la calcineurine, aminosides, cisplatine, cetuximab, amphotéricine B
- Post-IRA (diurèse post-obstructive, post-NTA)
- Tubulopathies génétiques : Gitelman, Bartter, mutations TRPM6, FXYD2, EGF, claudine-16/19…
Calculateur — Excrétion fractionnelle du magnésium (FeMg)
Aide à distinguer une origine digestive (FeMg < 2 %) d’une origine rénale (FeMg ≥ 2 %).
FeMg (%) = [(U-Mg × P-Cr) / (0,7 × P-Mg × U-Cr)] × 100
Le facteur 0,7 tient compte de la fraction du Mg²⁺ plasmatique non liée aux protéines (ultrafiltrable).
📌 Encadré — Déprescrire les IPP : pourquoi et comment
Une prescription bien souvent inappropriée. Entre 25 et 70 % des prescriptions chroniques d’IPP sont jugées inappropriées selon les séries [6,7]. Au-delà de l’hypomagnésémie, l’usage prolongé est associé — avec des niveaux de preuve variables — à un risque accru d’infections (C. difficile, pneumonies), de fractures (col fémoral, vertèbres), de carence en vitamine B12 et en fer, de néphrite interstitielle aiguë et IRC, et de rebond acide à l’arrêt brutal [6].
Quand maintenir un IPP au long cours (indications validées) ? [6,7]
- Œsophage de Barrett, œsophagite érosive sévère (grade C/D)
- Antécédent d’hémorragie digestive haute sur ulcère gastroduodénal
- Syndrome de Zollinger-Ellison
- Co-prescription d’AINS chez un patient à haut risque ulcéreux
- RGO sévère/réfractaire avec récidive symptomatique documentée à l’arrêt
Comment déprescrire en pratique (algorithme de Farrell [7], adapté par Tombez et al. dans la Rev Med Suisse 2024 [8]) :
- Identifier les patients sous IPP > 8 semaines sans indication claire ou avec RGO/dyspepsie contrôlés depuis ≥ 4 semaines.
- Informer le patient des bénéfices de l’arrêt et du risque transitoire de symptômes de rebond.
- Diminuer progressivement : ½ dose pendant 2-4 semaines, puis arrêt — ou prise « à la demande ».
- Mesures de soutien : règles hygiéno-diététiques (alcool, café, repas tardifs, surpoids, surélévation tête de lit), antiacides ou anti-H2 ponctuels en cas de symptôme.
- Suivi à 4 et 12 semaines ; reprise éventuelle à dose minimale efficace si nécessaire.
L’éducation du patient est le levier central. L’essai randomisé pragmatique de Fournier et al. (JAMA Intern Med, avril 2026) [9], conduit en médecine générale française auprès de 34 409 patients, l’a clairement démontré : une intervention combinée patient (brochure d’éducation à domicile) + médecin (lettre + algorithme) double le taux de déprescription à 1 an par rapport aux soins habituels (14,9 % vs 7,0 %), tandis qu’une intervention ciblant uniquement le médecin n’apporte pas de bénéfice significatif (7,7 %). Et ce, sans aggravation des symptômes de RGO à long terme.
👉 À retenir : informer le patient — avec un support écrit qu’il emporte chez lui — vaut mieux qu’un rappel adressé au seul prescripteur.
En pratique
- Doser le magnésium chez tout patient sous IPP au long cours présentant une hypocalcémie, une hypokaliémie réfractaire, des symptômes neuromusculaires ou cardiaques inexpliqués.
- Calculer la FEMg (voir calculateur ci-dessus) pour orienter l’origine digestive vs rénale.
- En cas d’HIPP confirmée : arrêt de l’IPP (ou bascule vers un anti-H2 si indication maintenue) ± supplémentation. La supplémentation seule, sans arrêt de l’IPP, est généralement inefficace.
- Repenser systématiquement l’indication et la durée du traitement par IPP — la déprescription reste le meilleur outil de prévention.
Voir aussi : Le magnésium en bref — rappel synthétique sur la physiologie, les causes et la présentation clinique des troubles du magnésium.
Références
[1] FDA Drug Safety Communication. Low magnesium levels can be associated with long-term use of Proton Pump Inhibitor drugs (PPIs). US Food and Drug Administration, March 2, 2011. https://www.fda.gov/drugs/drug-safety-and-availability/fda-drug-safety-communication-low-magnesium-levels-can-be-associated-long-term-use-proton-pump
[2] de Baaij JHF, Hoenderop JGJ, Bindels RJM. Magnesium in man: implications for health and disease. Physiol Rev 2015;95(1):1-46. doi:10.1152/physrev.00012.2014
[3] Gommers LMM, Hoenderop JGJ, de Baaij JHF. Mechanisms of proton pump inhibitor-induced hypomagnesemia. Acta Physiol (Oxf) 2022;235(4):e13846. doi:10.1111/apha.13846
[4] Srinutta T, Chewcharat A, Takkavatakarn K, et al. Proton pump inhibitors and hypomagnesemia: A meta-analysis of observational studies. Medicine (Baltimore) 2019;98(44):e17788. doi:10.1097/MD.0000000000017788
[5] Ali K, Ali AA, Jaikaransingh V. Severe Hypomagnesemia Caused by Proton-Pump Inhibitors in a Patient With an Ostomy. Cureus 2024;16(3):e55856. doi:10.7759/cureus.55856
[6] Freedberg DE, Kim LS, Yang YX. The Risks and Benefits of Long-term Use of Proton Pump Inhibitors: Expert Review and Best Practice Advice From the American Gastroenterological Association. Gastroenterology 2017;152(4):706-715. doi:10.1053/j.gastro.2017.01.031
[7] Farrell B, Pottie K, Thompson W, et al. Deprescribing proton pump inhibitors: Evidence-based clinical practice guideline. Can Fam Physician 2017;63(5):354-364. PMID: 28500192. https://www.cfp.ca/content/63/5/354
[8] Tombez C et al. Déprescription des inhibiteurs de la pompe à protons : comment faire en pratique ? Rev Med Suisse 2024;20(885):1525-1530. doi:10.53738/REVMED.2024.20.885.1525
[9] Fournier JP, Gaultier A, Riche VP, et al. Deprescribing Intervention and Reduction of Proton Pump Inhibitor Use in Primary Care: A Cluster Randomized Clinical Trial. JAMA Intern Med. Published online April 13, 2026. doi:10.1001/jamainternmed.2026.0584
Cet article a été rédigé avec la complicité de Claude (Anthropic), qui m’a aidé à synthétiser la littérature, à mettre le texte en forme et à vérifier les références. La sélection des sources, les angles cliniques et la responsabilité éditoriale restent les miens.
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